El descontento con el módico avance de los gobiernos revolucionarios, sumado a las sucesivas derrotas sufridas por sus ejércitos, provocaron la "revolución" del 8 de octubre de 1812. Ese día, las tropas de San Martín y otros cuerpos militares se hicieron eco del descontento popular y derrocaron al Primer Triunvirato, reemplazándolo por otro afín a las ideas de la Logia y la Sociedad Patriótica, compuesto por Juan José Paso, Nicolás Rodríguez Peña y Antonio Alvarez Jonte. Paso logró mantenerse de un Triunvirato a otro, según el historiador Héctor Tanzi, gracias a un aporte monetario que sirvió para pagar sueldos atrasados y adquirir necesarias caballadas para las tropas patrias...
Una de las decisiones más importantes de este Triunvirato fue convocar a una asamblea de delegados de los pueblos del virreinato sublevado para enero de 1813, la posteriormente denominada Asamblea del Año XIII.
La convención tuvo 26 miembros, de los cuales siete eran miembros de la Logia desde su nacimiento europeo, algo que era sabido entonces por sus opositores, entre ellos Vicente Anastasio Echevarría (rico abogado rosarino, luego
financista de la campaña corsaria de Hipólito Bouchard). Su presidente fue Carlos María de Alvear, pese a su juventud (¡tenía 23 años!). Sus secretarios fueron Valentín Gómez y el omnipresente Hipólito Vieytes. Y por cierto, el menos importante de sus miembros no fue Monteagudo.
La asamblea inició sus deliberaciones el 31 de enero. Se había decidido que estaría conformada por cuatro diputados por Buenos Aires, dos por cada capital de intendencia, uno por cada ciudad dependiente y dos por Tucumán, en premio al valor demostrado por los habitantes de esa comarca en el decisivo triunfo del 24 de setiembre de 1812, en el que las tropas de Manuel Belgrano salvaron para la Revolución todo lo que hoy es el noroeste argentino.
Hubo entonces una profunda divergencia acerca de la postura sanmartiniana de declarar inmediatamente la independencia. Los partidarios de Alvear, expresando el parecer de los grupos que antaño apoyaron al Primer Triunvirato, se negaban a dar ese paso, al menos en esas circunstancias: estaban atemorizados por la situación internacional. Gran Bretaña no estaba dispuesta a apoyar abiertamente la independencia de las colonias americanas, comprometiendo su alianza con España. El vecino Brasil portugués no disimulaba su hostilidad, y la causa de la revolución estaba comprometida por los fracasos militares y las divisiones internas de Chile a Colombia y de México a Venezuela. San Martín contaba de su lado a Zapiola, Manuel Moreno, Donado y pocos más; Alvear, a Valentín Gómez, Gervasio Posadas, Juan y Ramón Larrea, Vieytes, Monteagudo, Miguel de Azcuénaga, Tomás Guido, Manuel García y Antonio y Juan Ramón Balcarce, entre otros.
Para complicar aún más este juego de poder, el 13 de abril de ese año, los representantes del pueblo de la Banda Oriental (el actual Uruguay, en esa época parte integrante del antiguo Virreinato y alzado en armas contra el poder realista, salvo Montevideo, que permanecía ocupada) se reunieron en el pueblo de Tres Cruces, entonces en las afueras de Montevideo y hoy uno de sus barrios, y aprobaron las instrucciones a sus enviados a la Asamblea. Las mismas planteaban el proyecto político más completo y adelantado que hubo en la región en varias décadas:
independencia de España, adopción de un régimen federal de gobierno, división de poderes, abolición de la esclavitud y libertad civil y religiosa. Había dos propuestas que, aún más que las anteriores, alienaron a los representantes de la burguesía porteña, cuya cabeza más conspicua era Alvear: las provincias retendrían para sí toda potestad no delegada expresamente al gobierno federal, y
la capital de la nueva nación no sería Buenos Aires.
Algunas de las ideas de Artigas había planeado poner en práctica en la Banda Oriental (reforma agraria ¡en 1813!) terminaron por espantar a sus opositores de Buenos Aires. Si los diputados de Artigas se hubieran incorporado a la Asamblea, hubieran hecho causa común con los delegados próximos a San Martín y hubieran estado en posición de fuerza.
El 1º de junio es el infame día en el que la Asamblea rechazó los poderes de los diputados orientales por supuestos vicios en la forma de elección. En esa discusión se fueron los meses; Artigas, irritado, retiró a sus tropas del sitio de la plaza realista de Montevideo el 20 de enero de 1814.
En el propio
seno de la Logia, la derrota de San Martín fue completa. Fue obligado a dejar de ser Venerable y a alejarse de la participación activa en la misma, dedicándose exclusivamente a las tareas militares. Sin embargo, no fue expulsado ni renunció, porque el juramento masónico es irrenunciable. Como se dice en las entidades secretas, se "durmió".
Además de célebres medidas como decretar la libertad de vientres, la libertad de prensa y la abolición de la tortura, la Asamblea estableció el cargo de Director Supremo de las Provincias Unidas del Río de la Plata (21 de enero) y eligió para el cargo, al día siguiente, al tío materno de Alvear, Gervasio Posadas. San Martín, derrotado, fue enviado a Tucumán a reorganizar al Ejército del Norte. Conociendo que la lucha en el norte estaba en un punto muerto del que era imposible salir, más tarde argumentaría problemas de salud y sería trasladado a Córdoba, para luego, en setiembre, ser designado gobernador de Cuyo. De Chile sólo lo separaban los Andes, nada más y nada menos.
A fines de 1814, Alvear tuvo que asumir en persona el cargo de Director, remplazando a un Posadas desgastado por la crisis con Artigas y las provincias que se le unieron.
